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Carta descriptiva de materia de posgrado

Datos de la Materia

Nombre

Modelado de especies orgánicas.

Hrs/semana

Sistema tutorial

Requisitos

El(la) alumno(a) deberá:

Descripción General del Curso

El curso pretende familiarizar al estudiante con herramientas básicas de modelado molecular, junto con el uso de principios básicos de fisicoquímica orgánica, para aumentar su comprensión de reacciones orgánicas.

Objetivos del Curso

Entrenar al estudiante en el uso de paquetes de modelado molecular para apoyar razonamientos termodinámicos y cinéticos con resultados computacionales.

Contenido Temático

Conceptos Básicos de Modelado Molecular

¿Qué es el modelado molecular?

Exactitud y aproximación.

Mecánica molecular
Métodos semiempíricos
Métodos ab initio

Interacciones Intra- e Intermoleculares

Optimación geométrica: La búsqueda del elusivo mínimo energético

Introducción a  la Mecánica Molecular

Tipos de átomos

Campos de potencial

Optimación geométrica

Ejercicios de entrenamiento con MOLGEN

Análisis conformacional de moléculas sencillas: etano y butano
Análisis conformacional de anillos: ciclohexano silla y bote torcido

Herramientas adicionales

Generación de archivos PDB con Babel

Visualización de estructuras con Rasmol

Introducción a los Métodos Semiempíricos

El Hamiltoniano como descripción de la energía de un sistema

Ejercicios de entrenamiento con MOPAC

Análisis conformacional de moléculas sencillas: etano y butano
Análisis conformacional de anillos: ciclohexano silla y bote torcido

Bibliografía

Leffler, J. E.; Grunwald, E.  Rates and Equilibria of Organic Reactions.  Dover Publications, Inc.:New York, 1989
Isaacs, N. S.  Physical Organic Chemistry. John Wiley & Sons, Inc.: New York; 1987
Stewart, J. J. P.,  Mopac 6.0 Manual
Archivos de ayuda de MOLGEN
Manual de Rasmol

Programas Requeridos

Molgen v. 4.0 para DOS
MOPAC v.6.0 para Win95 ó para MS-DOS
Rasmol para Windows
Babel para MS-DOS o Win95

Equipo de cómputo mínimo sugerido

Computadora Pentium de 100 MHz
16 MB de RAM
Disco duro con un mínimo de 200 MB libres
Sistema operativo Win95 ó Win 3.1 con MS-DOS 6.0

Maestro Responsable del Diseño

Dr. Víctor Manuel Rosas García
e-mail:quimico69@yahoo.com
Fecha de elaboración: 10 de marzo de 1999
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