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Programas utilizados en el curso.

La configuración de equipo de cómputo recomendada para los programas usados en este curso es la siguiente:
En los diskettes que ustedes me han facilitado, he proporcionado los siguientes programas:
 

MOLGEN

Programa de modelado por mecánica molecular. Posee una interfase gráfica algo primitiva pero sencilla de usar.  Puede visualizar propiedades tales como superficies de potencial electrostático, lipofilicidades, orbitales atómicos, frecuencias vibracionales (en algunos casos).  Para instalarlo en una PC, sigan los siguientes pasos:
  1. Copiar todos los archivos (Install.exe + Molgen.1 --> Molgen.6) en un directorio temporal, p. ej. C:\temp
  2. Activar Install.exe con un doble click
  3. Seguir las instrucciones
  4. Editar el archivo AUTOEXEC.BAT para añadir la variable ambiental MOLGENTEMP
  5. Reiniciar la computadora para que los cambios tomen efecto

PkZip

Este programa sirve para comprimir y expandir archivos y conviene mucho tenerlo disponible en cualquier PC.  En necesario activarlo para poder desempacar los demás programas proporcionados.  Para instalarlo las instrucciones son:
  1. Crear un directorio llamado Pkzip en C:\
  2. Copiar a ese directorio el archivo pk.exe.  Este es un archivo autoextraible
  3. Activar pk.exe (dentro de C:\Pkzip) con un doble click.  Esto expandirá los archivos necesarios para que PkZip funcione.

  4.  

MOPAC

Mopac v.6.0 para Win95 es un programa para cálculos semiempíricos.  En el diskette encontrarán dos versiones, una para 50 átomos pesados y otra para 150 átomos pesados.  ¿Qué es un átomo pesado? Cualquier átomo más pesado que un hidrógeno.  El manual de Mopac está en un archivo aparte (mopacman.zip).  Para poder desempacar estos archivos PkZip debe estar funcionando y, de preferencia, haber configurado la asociación de extensión *.zip con Pkzipw.exe.  Una vez hecho esto, hay que crear un directorio C:\Mopac y expandir ahí los archivos mopac50.zip y mopacman.zip.  El archivo mopac150.zip sólo crea un ejecutable que ocupa más espacio, aunque lo proporciono para algún caso futuro en el que deseen calcular un sistema grande. El ejecutable producido por mopac50.zip es más que suficiente para los propósitos del curso.

Rasmol

Rasmol es un visualizador de estructuras moleculares.  Puede visualizar cargas atómicas, superficies de potencial electrostático y superficies accesibles al solvente, y átomos enlazados por puentes de hidrógeno.  También puede aplicar formatos de visualización específicos para proteínas y nucleótidos.  Las instrucciones de instalación son muy parecidas a las de Mopac:
crear un directorio C:\Rasmol, copiar a ese directorio el archivo Raswin.zip y desempacarlo.  Es muy conveniente asociar la extensión *.pdb a raswin.exe para poder abrir archivos pdb con un doble click.

Babel

Babel es un traductor de formatos de descripción molecular.  Existen muchos formatos de uso común en química computacional para describir estructuras moleculares, p. ej., Mopac utiliza coordenadas internas; Molgen utiliza un formato propio; muchas proteínas se consiguen en formato Protein Databank File (*.pdb).  Babel puede traducir un formato a otro, por lo cual será indispensable para integrar el uso de Molgen y Mopac.  Para instalarlo, hay que crear un directorio C:\Babel y desempacar el archivo babel.zip ahí.  Después es necesario añadir el directorio C:\Babel a la ruta de búsqueda de la computadora (variable PATH en el archivo AUTOEXEC.BAT) y añadir una variable ambiental:

SET BABEL_DIR=C:\BABEL

Una vez hecho esto, reiniciar la PC para que los cambios tomen efecto.

Gnuplot

Gnuplot no es de uso indispensable en el curso pero es un excelente programa para producir gráficas bi- y tridimensionales con calidad de publicación.

Graphic Workshop for Windows

Otro programa que no es indispensable para el curso pero constituye un excelente programa para manipulación de gráficas y traducción de formatos gráficos.

r2h

r2h es un traductor de formato RTF (significa Rich Text Format) a HTML.  Microsoft Word puede generar archivos en formato RTF, por lo cual este programa r2h es de gran ayuda para producir materiales electrónicos para publicación en Internet.  Usando r2h el usuario no necesita más que un muy pequeño conocimiento de HTML.  Sin embargo, sí es necesario utilizar correctamente los estilos de Word para obtener el efecto deseado.  En general, yo recomiendo el uso de r2h sólo cuando ya existe una gran cantidad de páginas escritas en Word.  Para el caso en el que uno empieza desde cero, prefiero utilizar Netscape Composer.
Advertencia: ni r2h ni Netscape Composer permiten incluir hojas de estilo (Stylesheets).  Uno mismo debe añadir el código necesario a mano.