Programas utilizados en el curso.
La configuración de equipo de cómputo recomendada para los
programas usados en este curso es la siguiente:
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CPU Pentium (de preferencia Intel) de 100 MHz
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16 MBytes de RAM (8 MB puede servir, aunque será muy lento)
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Disco duro con un mínimo de 200 MB libres
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Sistema operativo Windows 95 (es posible proporcionar programas para Windows
3.1 y MS-DOS, Windows98 no es recomendable).
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Monitor a color
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Ratón, teclado
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Una impresora (muy conveniente, aunque, por supuesto, los programas pueden
funcionar sin ella).
En los diskettes que ustedes me han facilitado, he proporcionado los
siguientes programas:
MOLGEN
Programa de modelado por mecánica molecular. Posee una interfase
gráfica algo primitiva pero sencilla de usar. Puede visualizar
propiedades tales como superficies de potencial electrostático,
lipofilicidades, orbitales atómicos, frecuencias vibracionales (en
algunos casos). Para instalarlo en una PC, sigan los siguientes pasos:
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Copiar todos los archivos (Install.exe + Molgen.1 --> Molgen.6) en un directorio
temporal, p. ej. C:\temp
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Activar Install.exe con un doble click
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Seguir las instrucciones
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Editar el archivo AUTOEXEC.BAT para añadir la variable ambiental
MOLGENTEMP
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Reiniciar la computadora para que los cambios tomen efecto
PkZip
Este programa sirve para comprimir y expandir archivos y conviene mucho
tenerlo disponible en cualquier PC. En necesario activarlo para poder
desempacar los demás programas proporcionados. Para instalarlo
las instrucciones son:
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Crear un directorio llamado Pkzip en C:\
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Copiar a ese directorio el archivo pk.exe. Este es un archivo autoextraible
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Activar pk.exe (dentro de C:\Pkzip) con un doble click. Esto expandirá
los archivos necesarios para que PkZip funcione.
MOPAC
Mopac v.6.0 para Win95 es un programa para cálculos semiempíricos.
En el diskette encontrarán dos versiones, una para 50 átomos
pesados y otra para 150 átomos pesados. ¿Qué
es un átomo pesado? Cualquier átomo más pesado que
un hidrógeno. El manual de Mopac está en un archivo
aparte (mopacman.zip). Para poder desempacar estos archivos PkZip
debe estar funcionando y, de preferencia, haber configurado la asociación
de extensión *.zip con Pkzipw.exe. Una vez hecho esto, hay
que crear un directorio C:\Mopac y expandir ahí los archivos mopac50.zip
y mopacman.zip. El archivo mopac150.zip sólo crea un ejecutable
que ocupa más espacio, aunque lo proporciono para algún caso
futuro en el que deseen calcular un sistema grande. El ejecutable producido
por mopac50.zip es más que suficiente para los propósitos
del curso.
Rasmol
Rasmol es un visualizador de estructuras moleculares. Puede visualizar
cargas atómicas, superficies de potencial electrostático
y superficies accesibles al solvente, y átomos enlazados por puentes
de hidrógeno. También puede aplicar formatos de visualización
específicos para proteínas y nucleótidos. Las
instrucciones de instalación son muy parecidas a las de Mopac:
crear un directorio C:\Rasmol, copiar a ese directorio el archivo Raswin.zip
y desempacarlo. Es muy conveniente asociar la extensión *.pdb
a raswin.exe para poder abrir archivos pdb con un doble click.
Babel
Babel es un traductor de formatos de descripción molecular.
Existen muchos formatos de uso común en química computacional
para describir estructuras moleculares, p. ej., Mopac utiliza coordenadas
internas; Molgen utiliza un formato propio; muchas proteínas se
consiguen en formato Protein Databank File (*.pdb). Babel puede traducir
un formato a otro, por lo cual será indispensable para integrar
el uso de Molgen y Mopac. Para instalarlo, hay que crear un directorio
C:\Babel y desempacar el archivo babel.zip ahí. Después
es necesario añadir el directorio C:\Babel a la ruta de búsqueda
de la computadora (variable PATH en el archivo AUTOEXEC.BAT) y añadir
una variable ambiental:
SET BABEL_DIR=C:\BABEL
Una vez hecho esto, reiniciar la PC para que los cambios tomen efecto.
Gnuplot
Gnuplot no es de uso indispensable en el curso pero es un excelente programa
para producir gráficas bi- y tridimensionales con calidad de publicación.
Graphic Workshop for Windows
Otro programa que no es indispensable para el curso pero constituye un
excelente programa para manipulación de gráficas y traducción
de formatos gráficos.
r2h
r2h es un traductor de formato RTF (significa Rich Text Format) a HTML.
Microsoft Word puede generar archivos en formato RTF, por lo cual este
programa r2h es de gran ayuda para producir materiales electrónicos
para publicación en Internet. Usando r2h el usuario no necesita
más que un muy pequeño conocimiento de HTML. Sin embargo,
sí es necesario utilizar correctamente los estilos de Word para
obtener el efecto deseado. En general, yo recomiendo el uso de r2h
sólo cuando ya existe una gran cantidad de páginas escritas
en Word. Para el caso en el que uno empieza desde cero, prefiero
utilizar Netscape Composer.
Advertencia: ni r2h ni Netscape Composer permiten incluir hojas de
estilo (Stylesheets). Uno mismo debe añadir el código
necesario a mano.